Sexual antagonism, mating systems, and recombination suppression on sex chromosomes
该研究通过种群遗传模型表明，即使微弱的性拮抗选择也足以显著加速性染色体上重组抑制因子的进化，且其具体速率受交配系统、性染色体类型（XY 或 ZW）以及抑制因子起源位置（异配或同配染色体）的共同影响，从而为不同物种中性染色体倒位的分布提供了可检验的预测。
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evolutionary biology
466 篇论文
Direct and indirect benefits of cooperation in collective defense against predation
该研究以松叶蜂幼虫为模型，证实了集体防御行为通过提供直接生存收益和基于亲缘选择的间接收益来维持合作，且个体能根据群体规模、性别比例及亲缘关系等社会环境动态调整其贡献水平，从而在防止“搭便车”现象的同时维持了种群内的合作变异。
A phylogenetic protein-coding genome-phenome map of complex traits across 224 primate species.
该研究构建了涵盖 224 种灵长类动物 263 个性状的首个系统发育蛋白质编码基因组 - 表型图谱（P3GMap），通过跨物种分析揭示了数千个与复杂性状进化相关的蛋白质编码变异。
Epigenetic aging in brain tissue of the self-fertilizing vertebrate, Kryptolebias marmoratus
这项研究利用自然界中罕见的自交脊椎动物红树林鳉（*Kryptolebias marmoratus*）构建了高精度的脑组织表观遗传时钟，证明了在几乎排除遗传变异干扰的情况下，DNA 甲基化模式仍能随年龄发生一致且可预测的变化，从而为解析衰老的表观遗传机制提供了强有力的模型。
Transcriptional Activation of Estrogen Receptor-alpha and Estrogen Receptor-beta from Elephant Shark (Callorhynchus milii)
该研究填补了软骨鱼类雌激素信号研究的空白，发现象鲨（Callorhynchus milii）拥有三个雌激素反应性 ER 基因和一个非反应性基因，并证实象鲨的雌激素受体在 4.25 亿年的进化中与人类受体保持了显著的转录激活功能保守性。
Multiple ecological and evolutionary mechanisms drive treatment-induced antibiotic resistance
该研究通过分析支气管扩张症患者的一期脉冲给药临床试验数据，揭示了治疗诱导的铜绿假单胞菌耐药性并非由单一机制驱动，而是由预先存在的耐药性、自发突变、菌株迁移以及受抗生素选择压力和生长代价权衡影响的复杂生态与进化过程共同作用的结果。
HapNet: a new Python package for automated population-aware haplotype network analysis and visualization
本文介绍了一款名为 HapNet 的开源 Python 软件包，它能够通过最小生成树算法自动从对齐的 FASTA 文件中构建并可视化考虑种群信息的单倍型网络，从而为群体遗传学研究提供了一种可重复、可脚本化且无需图形界面的解决方案。
A classification of structured coalescent processes with migration, conditional on the population pedigree
该研究将种群谱系对共同祖先时间的影响分析扩展至存在种群分化和迁移的情形，通过条件于种群谱系的结构化共祖模型，评估了四种迁移情景下的谱系效应，发现除经典的迁移模型外，其他三种情景（特别是涉及长期基因流中断和脉冲式迁移的情景）均存在显著的谱系效应。
Spatial confinement of gene drives: Assessing risk of failure using global sensitivity analysis
本文利用随机空间模型和全局敏感性分析，评估了基因驱动在空间限制设计中的失效风险，揭示了扩散能力与适应度成本等关键参数如何显著影响不同基因驱动的空间表现及其适用性。
In silico identification and deorphanisation of an allatostatin C GPCR system in the cephalopod Octopus vulgaris reveals two receptors with distinct potency
本研究通过计算与实验相结合的方法，首次在普通章鱼（Octopus vulgaris）中鉴定并功能表征了一个由单一前体肽（OvAstC）和两个具有不同激活效力的受体（OvAstCR1 和 OvAstCR2）组成的所有抑素 C 信号系统，其广泛的组织分布及与脊椎动物阿片类系统的进化关联，提示该系统可能在章鱼的感觉处理（包括痛觉调节）及动物福利方面发挥关键的神经调节作用。
Environmental perturbation increases gene expression variability and unmasks genetic regulation for transcriptional robustness
该研究利用果蝇群体在正常与高糖饮食下的基因组和转录组数据，发现环境扰动不仅普遍增加了基因表达变异性，还揭示了调控这种变异性（即环境稳健性）的独立遗传位点，表明基因表达变异性是生物应对环境变化及进化约束的一个关键且独特的调控维度。
Population specific bottlenecks inflated differentiation measures of Louisiana black bear and negate subspecific status
该研究通过基因组分析表明，路易斯安那黑熊种群间的高遗传分化主要由历史瓶颈效应和奠基者事件驱动，而非适应性进化或显著表型差异，因此不支持将其继续认定为独立亚种。
Male-biased sexual selection persists across contrasting habitats in a dioecious plant
该研究通过对石竹属植物的调查表明，尽管栖息地退化改变了传粉者行为，但雄性biased 的性选择在两种生境中依然持续存在，且雄性性状在人工生境中表现出更强的选择压力。
Rapid speciation in small populations challenges the dominance of ecological speciation
该研究通过整合模型与植物基因组数据分析，揭示了小种群中快速物种形成是非生态物种形成的特征，并发现种群规模与物种形成时间呈正相关，从而挑战了生态物种形成是生物多样性主要来源的主流观点。
Genetic erosion and projected habitat loss in the protected Alpine moth Actias isabellae galliaegloria (Lepidoptera: Saturniidae)
该研究通过整合基因组学与生态位建模，揭示了阿尔卑斯山特有亚种西班牙月蛾（Actias isabellae galliaegloria）正面临遗传多样性极低与栖息地严重丧失的双重危机，强调了采取紧急针对性保护措施以应对气候变化威胁的紧迫性。
Coordinated neural progenitor adaptations drive primate neocortical downscaling
该研究通过整合多种实验模型，揭示了狨猴神经祖细胞在顶基祖细胞层面的协调适应性改变，这些改变降低了祖细胞增殖能力并限制了神经元产出，从而驱动了灵长类新皮层的进化性缩小与平滑化。
Constrained evolution of a core winter proteome across independently cold-adapted PACMAD grasses
该研究通过比较蛋白质组学分析发现，尽管PACMAD亚科草类独立进化出耐寒性，但其核心冬季蛋白质组的响应幅度受到进化约束而高度保守，且LEA3蛋白的结构完整性（如重复序列和基序）对于实现抗冻保护至关重要，仅靠转录诱导不足以保证耐寒性。
Dental calculus as a record of Pleistocene reindeer oral, digestive and dietary flora
该研究利用古代宏基因组学技术，通过对法国更新世驯鹿牙结石的测序分析，揭示了其口腔与消化微生物组及饮食结构的时空演变，证明了牙结石是重建已灭绝种群生态历史及追踪数千年消化适应连续性的有力工具。
Assessing positive selection in centromere-associated kinetochore proteins across Metazoan groups.
该研究通过在寄生蜂、辐鳍鱼类（包括无性繁殖的亚马逊茉莉鱼）和灵长类动物中检测凝缩蛋白 I 复合物和 Mis12 复合物的正选择信号，发现除亚马逊茉莉鱼外，其他类群中均存在零星的正选择迹象，表明着丝粒驱动可能在这些动物类群的动粒蛋白进化中发挥作用。
Stable but turbulent: the two faces of the germline-restricted chromosome of passerine birds
本研究通过组装四种近缘雀形目鸟类的生殖系限制性染色体（GRC），揭示了该染色体虽保留少数核心祖先基因以维持关键功能，却因程序化 DNA 消除机制而表现出极高的重复序列扩增、物种特异性大小差异及频繁的重排，从而在稳定的鸟类核型中呈现出一种“稳定但动荡”的独特进化模式。